Eduardo nació en una familia católica dedicada al comercio de granos y frutos secos. Fue el segundo de diez hijos y recibió una educación basada en valores cristianos. Su abuelo Jorge le inculcó el amor por la lectura, lo que influyó profundamente en su formación intelectual y espiritual.
En 1943, Eduardo participó en el "Cursillo de Jefes de Peregrinos" en el Santuario de Lluch. Esta experiencia, junto con su observación de la realidad social y religiosa de la época, le llevó a desarrollar un método para revitalizar la fe cristiana. Así, en 1944, se celebró el primer Cursillo de Cristiandad en Cala Figuera de Santanyí, Mallorca.
Desde su inicio, los Cursillos de Cristiandad se expandieron rápidamente por todo el mundo. Eduardo viajó incansablemente para promover el movimiento, visitando países como Brasil, Estados Unidos, Perú, Bolivia y muchos más. Su dedicación y carisma fueron fundamentales para la difusión global del movimiento.
Tras su fallecimiento en 2008, Eduardo fue enterrado en la iglesia de los Capuchinos, donde su tumba reza "Un Aprendiz de Cristiano", reflejando su humildad y dedicación. Su legado perdura a través de la Fundación Eduardo Bonnín Aguiló, que continúa difundiendo su pensamiento y obra.
Los Cursillos de Cristiandad han tenido un impacto significativo en la vida de millones de personas, fomentando una fe viva y activa. El enfoque de Eduardo en la amistad, el amor de Dios y la importancia de la persona ha dejado una marca indeleble en la espiritualidad contemporánea.